- Hans eksperimentelle metoder var ikke alltid strenge. Noen ganger stolte han på anekdotiske bevis og kontrollerte ikke alltid for variabler. Dette førte til at noen av konklusjonene hans var feil.
- Noen ganger var han for rask til å generalisere ut fra eksperimentene sine. Han kom ofte med feiende uttalelser basert på et begrenset antall observasjoner. Dette førte til at noen av teoriene hans ble forenklet.
- Han var ikke alltid åpen for nye ideer. Noen ganger var han motstandsdyktig mot nye teorier som stred mot hans egne. Dette hindret ham i å gjøre noen viktige funn.
Til tross for disse svakhetene var Robert Boyle en strålende vitenskapsmann som ga betydelige bidrag til vitenskapen. Arbeidet hans bidro til å legge grunnlaget for moderne kjemi og fysikk.