Marty oppdager Shiloh bundet til et tre, tydelig neglisjert og mishandlet, og utvikler et sterkt bånd med dyret. Imidlertid tilhører Shiloh Judd Travers, en grusom og voldelig eier, som i utgangspunktet nekter å selge hunden til Marty. Martys ønske om å redde Shiloh fra dens voldelige omstendigheter fører ham i konflikt med Judd og sønnen hans, som truer og skremmer Marty for å forhindre ham i å blande seg inn.
Konflikten forsterkes når Marty bestemmer seg for å ta Shiloh hjem og gjemme ham, og trosser Judds ordre. Mens Judd nådeløst forfølger Shilohs retur, møter Marty økende press og moralske dilemmaer. Martys vennskap med klassekameraten Dara Lynn hjelper ham med å ta vare på Shiloh og skjule hvor hunden befinner seg, men Marty sliter også med frykten for å bli fanget av Judd og konsekvensene som kan følge.
Den sentrale konflikten til "Shiloh" dreier seg om sammenstøtet mellom Martys medfølende natur og Judds ufølsomme ignorering av dyrevelferd. Det reiser viktige spørsmål om den etiske behandlingen av dyr, eierskapets natur og hvor langt man bør gå for å beskytte en uskyldig skapning mot skade. Historien utforsker temaer som mot, lojalitet og båndene som dannes mellom mennesker og dyr, alt vevd innenfor konteksten av et lite bysamfunn og kampen for rettferdighet.