Krigen begynner når Portgas D. Ace, den andre divisjonssjefen for Whitebeard Pirates og den biologiske sønnen til Gol D. Roger, den tidligere piratkongen, blir tatt til fange av marinesoldatene og planlagt henrettelse. Aces bror, Monkey D. Luffy, hovedpersonen i serien, og hans mannskap, Straw Hat Pirates, forsøker å redde Ace, noe som fører til et sammenstøt med marinesoldatene.
Etter hvert som slaget eskalerer, blir flere mektige individer og grupper involvert, inkludert de tre admiralene fra marinesoldatene, de syv krigsherrene i havet, og til og med tidligere fiender av Whitebeard Pirates som velger å kjempe sammen med dem. Kampen er preget av intense kamper, svik og personlige ofre ettersom begge sider lider store skader.
Paramount-krigen har flere betydelige konsekvenser for One Piece-verdenen. Det endrer maktbalansen mellom marinesoldatene og piratmannskapene, og fører til en ny æra med piratkopiering. Den avslører også viktig informasjon om historien og hemmelighetene til One Piece-universet, inkludert den sanne naturen til Djevelfruktene og eksistensen av de gamle våpnene.
Totalt sett er Paramount War en sentral begivenhet i One Piece-historien som former fremtiden til serien og har varige konsekvenser for karakterene og verden de bor i.