Gjennom hele romanen legger Jim og vennene hans, inkludert Dr. Livesey og Squire Trelawney, ut på en farefull reise for å finne skatten foran Silvers mannskap. Konflikten intensiveres når de møter ulike hindringer, inkludert stormer, forrædersk terreng og konfrontasjoner med piratene. Det ultimate sammenstøtet skjer når piratene gjør mytteri og forsøker å ta kontroll over skipet, noe som fører til en klimaktisk kamp mellom Jim og hans allierte mot Silver og hans menn.
I kjernen er konflikten i «Skatteøya» drevet av jakten på rikdom og grådighet, samt kampen om makt og kontroll. Karakterenes motivasjoner og ønsker setter dem i strid med hverandre, og skaper spenning og spenning mens historien utspiller seg. I tillegg fremhever konflikten temaet godt versus ondt, ettersom Jim og vennene hans representerer ærlighet og lojalitet, mens Silver og hans mannskap legemliggjør svik og forræderi.