Den eksakte årsaken til hans død er ukjent, men det antas å ha vært et hjerteinfarkt På grunn av de tøffe forholdene var han holdt ut. Han ble funnet død i nærheten av teltet hans, og kroppen hans ble begravet under en snøskjerm.
Det er viktig å merke seg at Wegeners teori om kontinental drift, som han foreslo i 1912, ikke ble akseptert i løpet av hans levetid. Han døde en relativt ukjent forsker, men hans banebrytende teori ble til slutt bevist riktig, og han regnes nå som en av de viktigste figurene i geologien.