Séguy ble født i Toulon, Frankrike, 1. juli 1877. Han viste en lidenskap for naturhistorie i ung alder, og begynte å samle insekter i en alder av 12. Han studerte medisin ved universitetet i Montpellier og ble uteksaminert i 1902.
Séguy begynte sin karriere som militærlege, men han viet seg snart til entomologi. Han arbeidet ved Muséum national d'histoire naturelle i Paris fra 1906 til han gikk av i 1942. I løpet av sin tid på museet kuraterte han samlingen av Diptera, og publiserte en rekke vitenskapelige artikler og bøker om emnet.
Séguys hovedområde for forskning var familien Muscidae, og han ble en verdensekspert på denne gruppen. Han beskrev over 1000 nye arter av Muscidae, og publiserte flere monografier og kataloger om familien. Han jobbet også med andre familier av Diptera, inkludert Tephritidae, Conopidae og Cecidomyiidae.
Foruten sitt vitenskapelige arbeid, var Séguy også et aktivt medlem av flere vitenskapelige samfunn, inkludert Société entomologique de France og Royal Entomological Society of London. Han ble tildelt Linnean-medaljen fra Linnean Society of London i 1939, og Prix Constant fra Académie des sciences i Paris i 1949.
Séguy døde i Paris 23. oktober 1951, 74 år gammel. Han var en produktiv entomolog som ga betydelige bidrag til studiet av Diptera, og hans arbeid er fortsatt mye sitert av forskere i dag.