Romanen er skrevet fra perspektivet til Bruno, en ni år gammel tysk gutt som ikke er klar over den sanne naturen til farens arbeid og grusomhetene som ble begått i konsentrasjonsleiren ved siden av hjemmet deres. Gjennom Brunos øyne er leserne vitne til den sterke kontrasten mellom det privilegerte livet han fører og de harde realitetene som Shmuel og andre leirfanger står overfor.
Boynes skildring av karakterene understreker de destruktive effektene av krig og fordommer på både individer og samfunn. Brunos transformasjon fra et naivt barn til en som begynner å stille spørsmål ved verden rundt seg, fremhever viktigheten av utdanning og empati i kampen mot hat og intoleranse. Vennskapet mellom Bruno og Shmuel, til tross for barrierene som deres omstendigheter pålegger, fungerer som et kraftig symbol på den menneskelige åndens motstandskraft selv i møte med ufattelig lidelse.
Videre lar Boynes bruk av enkelt språk og grei historiefortelling at alvoret i hendelsene får dyp gjenklang hos lesere, unge og gamle. Ved å presentere Holocausts redsler gjennom et barns perspektiv, formidler han den dype virkningen av disse hendelsene uten å ty til grafiske beskrivelser. Denne tilnærmingen understreker det universelle budskapet om at krig og intoleranse er ødeleggende krefter som må motarbeides og elimineres.
Totalt sett fungerer «Gutten i den stripete pyjamasen» som en gripende påminnelse om konsekvensene av ukontrollerte fordommer og hat, og den tar kraftig til orde for fred, toleranse og forståelse blant mennesker med ulik bakgrunn.