* Natur og økologi: Hundertwasser trodde dypt på sammenhengen mellom mennesker og natur. Kunsten hans skildret ofte frodige landskap, trær og dyr, og feiret skjønnheten og skjørheten i den naturlige verden.
* Arkitektur: Han så på arkitektur som en form for kunst og trodde på å lage bygninger som blandet seg sømløst med naturen, med buede linjer, organiske former og mye grønt. Maleriene hans inneholdt ofte fantastiske, biomorfe bygninger, og fremhevet hans visjon for bærekraftige og harmoniske bymiljøer.
* Spiraler og sirkler: Disse tilbakevendende motivene symboliserer organisk vekst, livssykluser og sammenhengen mellom alle ting. Han brukte dem til å skape en følelse av bevegelse og energi i kunstverket hans.
* Farge og tekstur: Hundertwasser elsket å bruke lyse, levende farger og kontrasterende teksturer for å lage visuelt stimulerende og engasjerende komposisjoner. Han brukte ofte dristige strøk og virvlende mønstre for å formidle en følelse av bevegelse og liv.
* Antigeometri og antirasjonalitet: Han avviste tradisjonelle, stive geometriske former og omfavnet skjønnheten i uregelmessighet og spontanitet, noe som reflekterte hans tro på at kunst skulle være et personlig og intuitivt uttrykk.
I tillegg til disse temaene, inkorporerte Hundertwasser også elementer av filosofi, spiritualitet og sosiale kommentarer inn i arbeidet hans, og tar ofte opp temaer som miljøisme, fred og sosial rettferdighet.