Noe av det mest slående ved Holbeins verk er bruken av symbolikk og allegori. Han brukte ofte gjenstander og figurer for å representere abstrakte konsepter eller ideer, og maleriene hans er fulle av skjulte betydninger og referanser. For eksempel inkluderer han i sitt maleri «Ambassadørene» (1533) en rekke symboler som henspiller på datidens politiske og religiøse spenninger. Hodeskallen i forgrunnen er for eksempel en påminnelse om livets forgjengelighet, og lutt- og musikkbøkene representerer universets harmoni.
Holbein var også en mester i satire, og hans arbeid er ofte full av humoristiske og kritiske observasjoner av samfunnet. I sitt maleri "Dødsdansen" (1526-27) skildrer han for eksempel døden som leder en prosesjon av mennesker fra alle samfunnslag, fra konger og paver til bønder og tiggere. Maleriet er en påminnelse om at døden er uunngåelig og at ingen er unntatt fra den, uavhengig av sosial status eller rikdom.
Holbeins verk gir et verdifullt innblikk i den nordlige renessansens verden. Maleriene hans gjenspeiler datidens sosiale, politiske og religiøse endringer, og de tilbyr et unikt perspektiv på menneskene og hendelsene i den perioden.