2. Stasjonær fase :Ved gelelektroforese er den stasjonære fasen en gel (agarose eller polyakrylamid), mens i papirkromatografi er den stasjonære fasen et ark med absorberende papir.
3. Separasjon av stoffer :Forskjellen i bevegelseshastigheter gjennom de stasjonære fasene skiller stoffer i begge teknikkene.
4. Visualisering :Etter separasjonen visualiseres stoffene ved bruk av passende farging eller deteksjonsmetoder.